La barrière de corail mésoaméricaine s'étend sur 1 000 kilomètres de la péninsule du Yucatán au Honduras, ce qui en fait le deuxième plus long système corallien sur Terre après la Grande barrière de corail d'Australie.
Au large de la côte de Cancún, la section de Puerto Morelos de cette plateforme calcaire se trouve dans le National Reef Park of Puerto Morelos, créé en 1998 pour protéger 9 066 acres de jardins coralliens peu profonds où les coraux corne d'élan, cerveau et étoile abritent plus de 500 espèces de poissons. La crête récifale se situe dans des eaux dépassant rarement dix mètres de profondeur, permettant aux pratiquants de snorkeling d'observer des mérous rayés, des poissons-anges royaux et des raies pastenagues sans équipement de plongée technique. Des frais de conservation du parc marin de 125 MXN par personne financent les bouées d'amarrage qui empêchent les dommages causés par les ancres et les bateaux de patrouille qui appliquent les protocoles de non-contact.
Les excursions de snorkeling à Cancún permettent également d'accéder aux cénotes — des gouffres d'eau douce formés lorsque le socle calcaire poreux de la péninsule s'est effondré pour exposer le système fluvial souterrain de la région. Le Yucatán compte environ 6 000 cénotes, dont beaucoup sont reliés par des canaux souterrains que les anciens Mayas considéraient comme des portails vers Xibalba, le monde souterrain. Les eaux des cénotes restent à une température constante de 25 degrés Celsius toute l'année, et leur clarté teintée de tanin permet une visibilité dépassant 30 mètres dans certaines cavernes. Les voyagistes associent la plongée en cénote au snorkeling sur le récif pour présenter à la fois les écosystèmes marins et d'eau douce en une seule excursion.
Akumal Bay, à 37 kilomètres au sud de Cancún, abrite l'une des plus grandes populations de tortues vertes des Caraïbes, qui se nourrissent sur les herbiers marins dans les eaux peu profondes protégées de la baie. Les femelles retournent sur les plages d'Akumal entre mai et octobre pour nicher, sur les mêmes sables où elles-mêmes ont éclos des décennies plus tôt. Les réglementations sur le snorkeling à Akumal exigent que les guides maintiennent des distances de trois mètres par rapport aux tortues pour éviter l'abandon des zones d'alimentation dû au stress. Les herbiers marins de la baie attirent également des tortues imbriquées et occasionnellement des lamantins des Caraïbes pendant les mois d'hiver.
Les excursions sous-marines de Cancún opèrent à partir de plusieurs points de lancement : les marinas de la zone hôtelière pour les transferts en hors-bord vers le récif de Nizuc, le village de Puerto Morelos pour les entrées directes par la plage, et Tulum pour des itinéraires combinant archéologie et snorkeling. La clarté de l'eau atteint son apogée pendant la saison sèche de novembre à avril, bien que les mois d'été offrent des températures d'eau plus chaudes et une activité accrue des tortues. Le système d'amarrage du parc marin permet d'accueillir des excursions en petits groupes qui réduisent l'affluence sur les formations coralliennes populaires.
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