Das Mesoamerikanische Barriere-Riff erstreckt sich über 1.000 Kilometer von der Halbinsel Yucatán bis nach Honduras und ist damit nach dem australischen Great Barrier Reef das zweitgrößte Korallensystem der Erde.
Vor der Küste von Cancun liegt der Abschnitt von Puerto Morelos innerhalb des National Reef Park of Puerto Morelos, der 1998 gegründet wurde, um 9.066 Hektar flache Korallengärten zu schützen, in denen Hirschhorn-, Hirn- und Sternkorallen über 500 Fischarten beherbergen. Der Riffkamm liegt in einer Wassertiefe von selten mehr als zehn Metern, sodass Schnorchler Nassau-Zackenbarsche, Königskaiserfische und Stechrochen ohne technische Tauchausrüstung beobachten können. Eine Naturschutzgebühr von 125 MXN pro Person finanziert Bojen zur Befestigung, die Schäden durch Anker verhindern, sowie Patrouillenboote, die ein Berührungsverbot durchsetzen.
Schnorchelausflüge in Cancun bieten zudem Zugang zu Cenoten — Süßwasser-Dolinen, die entstanden sind, als das poröse Kalkgestein der Halbinsel einstürzte und das unterirdische Flusssystem der Region freilegte. Yucatán beherbergt schätzungsweise 6.000 Cenoten, von denen viele durch unterirdische Kanäle verbunden sind, die den alten Maya als Portale zu Xibalba, der Unterwelt, galten. Das Wasser in den Cenoten hat ganzjährig eine konstante Temperatur von 25 Grad Celsius, und die durch Tannine gefärbte Klarheit ermöglicht in einigen Höhlen eine Sichtweite von über 30 Metern. Reiseveranstalter kombinieren Cenoten-Tauchgänge mit Riff-Schnorcheln, um bei einem einzigen Ausflug sowohl Meeres- als auch Süßwasser-Ökosysteme zu zeigen.
Die Akumal Bay, 37 Kilometer südlich von Cancun, beherbergt eine der größten Populationen an Suppenschildkröten in der Karibik, die sich von den Seegraswiesen in den geschützten Untiefen der Bucht ernähren. Zwischen Mai und Oktober kehren die Weibchen an die Strände von Akumal zurück, um zu nisten – an denselben Sand, an dem sie selbst vor Jahrzehnten geschlüpft sind. Die Schnorchelregeln in Akumal erfordern, dass Führer einen Abstand von drei Metern zu den Schildkröten einhalten, um stressbedingtes Verlassen der Futtergründe zu verhindern. Das Seegras der Bucht zieht im Winter auch Karettschildkröten und gelegentlich Karibik-Manatis an.
Die Unterwassertouren ab Cancun starten von verschiedenen Punkten: Yachthäfen in der Hotelzone für Schnellboot-Transfers zum Nizuc-Riff, das Dorf Puerto Morelos für direkten Strandzugang und Tulum für kombinierte archäologische und Schnorchel-Routen. Die Wasserklarheit erreicht in der Trockenzeit von November bis April ihren Höhepunkt, obwohl die Sommermonate wärmere Wassertemperaturen und eine höhere Schildkrötenaktivität bieten. Das Befestigungssystem des Marineparks ermöglicht Touren in kleinen Gruppen, die den Andrang an beliebten Korallenriffen reduzieren.
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